Pada zaman purba, golongan Hellenik Yunani memanggil pergunungan ini sebagai ""Paropamisadae" ketika lewat alaf pertama SM,[10] dan nama ini juga digunakan pada peta-peta dunia pada masa itu.[11] Nama "Hindu Kush" secara relatifnya ialah nama yang agak baharu. Menurut Ibn Battuta pada abad ke-14, nama Hindu Kush berasal daripada masalah banyak hamba Hindu yang terbunuh ketika melalui pergunungan ini ketika ke Turkestan dari India akibat suhu persekitaran yang amat dingin.[12]

Selain itu, terdapat dua kemungkinan lain bagi asal nama Hindu Kush. Satu asal-usul ialah pergunungan ini membahagikan penduduk Hindu di selatan Afghanistan dengan penduduk bukan Hindu di kawasan utara. Kemungkinan kedua ialah nama tersebut mungkin diterbitkan daripada bahasa Avesta purba yang bermaksud "gunung air".[2]